衛福部及教育部共同規劃為12歲至未滿18歲的青少年進行BNT疫苗校園接種服務；然而，不少家長既希望孩子能盡早接種疫苗，同時又擔憂BNT疫苗的安全性。 雖然青少年染疫後多為輕症或無症狀患者，但仍具有傳染力，接種疫苗不只是保護自己，也能保護身邊的人，尤其是同住的長者；且兒童或青少年感染新冠肺炎後，併發新冠肺炎長期症狀（Long COVID）的機率高達2-13%，其症狀包括疲憊、專注力下降、頭痛等極多樣化，及早接種疫苗，也可免於此併發症的產生。
真正不適合打疫苗的只有過去接種疫苗時曾出現無法呼吸、休克等嚴重過敏反應者；其他慢性疾病或免疫功能不全者，都不是接種疫苗的禁忌症，甚至更需要接種疫苗，因為這些孩子不管是染疫，或是染疫後發展成重症的機率都較正常孩子高。
針對最令民眾憂慮的疫苗副作用，其實不論接種何種疫苗多少都存有副作用，而這些不舒服的情況也代表著保護力正在提升。接種BNT疫苗常見副作用，如：疲憊、噁心、頭痛、肌肉痠痛、注射處疼痛等，多會隨時間逐漸緩解。當服用退燒止痛藥後，症狀仍未改善，甚至伴隨胸悶、胸痛、呼吸喘、運動不適、暈眩等情形，則可能為心肌炎或心包膜炎的徵兆，須立刻就醫；根據國外大規模臨床數據統計，心肌炎、心包膜炎多發生於接種BNT疫苗第二劑後的二到三週，男性發生的機率高於女生，但整體機率不及萬分之一，遠小於染疫後併發心肌炎的風險。
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